カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。ノヴァとの戦いが激化する中、人類によって指導されたEパンドラ計画だったが、Eパンドラの反乱によって計画は破綻。さらにノヴァの襲来によってアラスカ基地は崩壊の危機を迎えていた。激しい戦いに身を投じるサテライザー達の運命は・・・Eパンドラ編ついに完結!!