カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人――。激化をたどる戦いの中、人類は新たな選択を決断した。先天的資質に頼っていたパンドラの確保を人の手で行おうというのだ。エボリューション・パンドラプロジェクト――通称"Eパンドラ計画"が発動。それは、人類に未来をもたらす福音たりうるのか!?