人類の敵ノヴァと戦う人材を教育する機関ゼネティックスに所属するカズヤとサテライザー、2人は力を合わせ幾多の厳しい戦いを切り抜けて行くのであった。アオイ=源吾指揮の下、新たな組織に召集されたスカーレット=大原とアミリア。一方カズヤはレジェンドパンドラと共に市街地へ外出することに…。