カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。ノヴァとの戦いが激化をたどる中、人類は人工的にパンドラを生み出すEパンドラ計画を始動。しかし計画の途中、Eパンドラによる反乱が勃発。反乱の首謀者であるアミリアを援護するサテライザーだったが、彼女の前に立ち塞がったのは同じウェストゼネティックスのシフォンだった……。