人類の敵ノヴァと戦う人材を教育する機関ゼネティックスに所属するカズヤとサテライザー。2人は力を合わせ幾多の厳しい戦いを切り抜けて行くのであった。アラスカで発生した事件も収束し、再びウェストゼネティックスに戻ってきたサテライザー達。シフォン、エリザベスの不在に不穏な空気が漂うゼネティックス。さらにアオイ=源吾指揮の下、ノヴァと闘う新たな力『ヴァルキリー計画』が動き出そうとしていた…。