人類の敵ノヴァと戦う人材を教育する機関ゼネティックスに所属するカズヤとサテライザー、2人は力を合わせ幾多の厳しい戦いを切り抜けて行くのであった。アオイ=源吾の始動により誕生したヴァルキリーと呼ばれる少女達。彼女達もまた、パンドラと同じくノヴァと戦うためゼネティックスに編入。パンドラとヴァルキリーで混成される初の合同演習が開始されるも、突如演習用ダミーノヴァが暴走。パンドラにも異変が…。