カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。ノヴァとの戦いが激化をたどる中、人類は人工的にパンドラを生み出すEパンドラ計画を始動するもEパンドラによる反乱が勃発。事態は鎮圧されたかのように思われたが、突如ノヴァの出現により、パンドラ達は再び戦禍へと巻き込まれていく。