カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。ノヴァとの激化をたどる中、人類は人工的にパンドラを生み出すEパンドラ計画を発動。Eパンドラ研究所は成果を焦るかのように、安定剤という名の促進剤「マークIV」を被験体に投与、しかし実験は失敗。投与されたEパンドラが暴走してしまうのであった…。