カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。ノヴァとの戦闘が激化をたどる中、人類は人工的にパンドラを生み出すEパンドラ計画を発動。過酷な実験が続く最中、Eパンドラ達による反乱が勃発してしまい、Eパンドラとパンドラの激しい戦いが始まってしまうのであった。