汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなったシンジは、未知の存在である敵「使徒」と戦うことにより、今まで内に向いていた心を外に向け、他者との交流を持つことになる。しかし、”同居相手”と思い、親しみを感じていた上官のミサトが、自分の”監督日誌”をつけていたことを知り、再び心を閉ざしてしまう。