シンジの前に突然現れた謎の美少年渚カヲル。何かとつきまとうカヲルに戸惑うシンジだったが、カヲルの正体はフィフスチルドレンではなく最後の使徒だった。人類の命運を賭けたカヲルとシンジの戦いが始まる…。