音の調律更新プログラムをベルダンディーに届けるため、地上界へ降り立つ女神・クロノ。……が、上空から森里家を探している途中、プログラムの入った玉を割ってしまう。調律の更新がされなければ音階が失われ、歌が消えてしまう。そして歌の消滅とは、世界の死を意味していた――!! 音楽の消滅を阻止するためにベルダンディーたちはプログラム回収に向かう!