リゼンブールで邂逅したエドと父・ホーエンハイム。そこで残された父の言葉にひとつの疑問を抱くエド。真実を知ろうとするエドは埋葬した「あれ」を掘り起こす。そして残酷なまでの現実に直面する。真理は残酷だが正しい…だが、それは新たな希望の始まりでもあった…。セントラルへ戻ったエドは、『賢者の石』の情報を得るため、リンたちと共同戦線を張ることに。そしてホムンクルスをおびき出すべく傷の男・スカーと再び対峙するのだった!