エンヴィー、グラトニーVSエド、アル、リン! その激闘はあっけなく幕切れを迎える。全てを“飲み尽くす”グラトニーの異能力によって…。現実と真理の狭間にある広大な空間に閉じ込められたエドとリンは、エンヴィーと一時共闘することによって困難を打破しようとする。しかしエンヴィーの口から次々と明かされる『賢者の石』を巡る策謀の数々に、愕然とするエド。時を同じくして、大総統府へ乗り込んでいたロイもまた、国家を巻き込むホムンクルスの陰謀を知ることになる…。