砂漠のどこかにあるという伝説のピラミッド。その謎を追い、不二子はアマゾンへ飛ぶ。待ち受ける危険も知らず…。いっぽうルパンは秘宝「炎の涙」を盗むべくギリシアにいた。強奪に成功したルパンであったが、敵の追撃に遭い、セスナ機もろとも地中海へ墜落。その事故でルパンは記憶喪失に…。ルパンと銭形、2人の奇妙な脱出行が始まり、舞台は砂漠へと移る。はたしてルパンの記憶の行方は?そしてピラミッドの謎とは一体…!?