ゼーレは総力を上げ、実験中のレイに攻撃を仕掛ける。シンジ達の活躍でレイを救出するも、レイは記憶を失ってしまう。レイの記憶を取り戻すためシンジはレイに今までの思い出、そして自分の気持ちを伝えるのだった。