人々を守るべき存在の軍により、イリたちのいるE-05が武装制圧を受ける。キドウはイリを連れて逃亡を謀るも、駆除屋殺しのアハトがその路に立ち塞がった。騒然とする中、ジンはある情報を元に、メモリーチップを発見。そこにはイリの父、グリフィスの言葉が遺されていた。2104年、グリフィスがカガステルの研究所に来た頃に、時は遡る――。