人と妖人(妖怪)が共存する日本。人間に害なす妖人が起こす事件解決のため政府組織「妖人省」に招集された半妖のざくろ・薄蛍・鬼灯・雪洞と、陸軍少尉の総角・利劔・丸竜の7人は、チームを組んで任務につく。夏祭りの夜、「神がかりの里」に攫われたざくろの前に現れた花楯は、ざくろの異父兄・沢鷹だという。逃げようとしたざくろは母・突羽根と再会。触れると、母の記憶が流れ込み、ざくろは出生の秘密を知る……。