1日と1日の挟間にある “影時間” に現れるシャドウ。湊は巨大シャドウに襲われた際、『ペルソナ使い』 の能力に目覚める! シャドウを倒すべく選ばれし集団 “特別課外活動部”に誘われた湊は、シャドウの巣となるタルタロスへと向かい……。