エレンの生家に眠る「巨人の謎」を求め、壁外調査に乗り出した調査兵団。そこにはアルミンやミカサらの姿も。順調かと思われた道中、突如としてアルミンの前に「女型の巨人」が現れて陣形を破壊し……。