学園都市で行われる二万体もの美琴のクローン 『妹達(シスターズ)』 を殺害させる 「絶対能力進化(レベル6シフト)」 計画。その実験を止めるため、美琴は最強の能力者である 『一方通行(アクセラレータ)』 に挑もうとする。だが、そこへ上条当麻が現れ……。 最強と最弱の男が激突!