長い夏休みが開けた、新学期。学内外問わず、スピンドルの事件は様々な方向へと影響を及ぼしていた。リドは、自分の血筋の天恵が研究されているとみられる、天恵研究所に、ルーディー&DXとともに向かうことに。一方、ライナスはフィルを連れ、DXが捜している人物を見つけるため、ロイヤルマイルを目指す。そこで二人が出会ったのは…?