学園都市に、ローマ正教『神の右席』の一人、『前方のヴェント』が侵入した。彼女が操る謎の魔術により都市機能は完全麻痺、大部分の人間は意識を奪われ倒れていった。彼女の狙いは、上条当麻。ローマ正教が公式に認めた敵。同時刻。最強の超能力者・一方通行が、彼を支える少女『打ち止め』を護るため、科学者・木原数多率いる武装集団『猟犬部隊』と激突した。魔術と科学、二つの惨事が同時に学園都市を襲う。上条当麻、インデックス、一方通行、打ち止め。四者四様の想いが交差するとき、物語は始まる――!