アレンによって、神田とアルマは誰の手も届かぬ地へと逃れる――。やがてアルマは最期の時を迎えるが、第三使徒はノアの手に…。一方、「14番目」の覚醒を危険視されたアレンは、教団に幽閉されてしまう。そこに訪れた者とは…!?