地球の怪現象の正体を確かめるためにバミューダ海底のピラミッドに潜入するハーロックと台羽正。その最深部にはなんとマゾーンが眠っていた。マゾーンは太古より地球にいたのか? そしてついにマゾーンとハーロックの戦いが本格的に幕を開ける…。