上条当麻が目覚めた場所は『暗闇の密室』だった。彼をそこに送り込んだのは、土御門元春。学園都市に潜入した敵性魔術師が、霊装で学園の壊滅を狙っているらしい。 大規模術式発動阻止の『使命』を受けた上条は、残り数時間で『暗闇の密室』から抜け出した!! ――のだが、目の前に広がったのは、名門お嬢様女子校の更衣室で……。 ド変態の烙印を押され、女学生たちから追われる中、必死で霊装探索を行う。 御坂美琴にも発見され、ついにチェックメイトかと思われたその瞬間……“幸運”にも、救いの手がさしのべられた。 常盤台中学、第五位の超能力者『心理掌握』の食蜂操祈。 この出会いは、偶然の産物か、それとも『何者か』による必然の産物か――。 科学と魔術が交差するとき、物語は始まる!