母のため、友達のため、長く生きすぎた故に自分の色を忘れてしまった《透明なる竜(クリアーズ)》を追い求める少年・森永コン。《竜喰兵器》を手にし、強くなりすぎた事で、孤独と共に生きてきた少女・三菱ナナ。出会い、絆を深め、《透明なる竜》を探す旅に出た二人は角有族(ホーンズ)の少女と出会う。少女が世界の秘密を語る時、コンとナナの運命が、大きく動き出す───。