科学者・能宗と彼が率いる数体のディクロニウスは、ルーシー捕獲のために楓荘を襲撃する。しかし皆を守るために抵抗したコウタが致命傷を受けたことを機に、ルーシーが暴走、能宗の予想をはるかに上回る攻撃力で彼らを圧倒する。そしてなんと、瀕死の状態から目覚めたコウタは、失われていた忌まわしき記憶を取り戻していた。幼き日に、妹カナエがルーシーに殺された記憶を…。悲劇はいよいよ加速する!!