大自然の驚異に端を発し、時の流れと共に人間の野望や権力の象徴へと変わっていった空想上の生物、“龍”。今年はそんな龍をテーマとするため帰国した宗像教授だったが、東亜大学はあいつぐ不祥事による騒動で揺れ、学長の館林も地位を危ぶまれていた。その館林から、歴史学者でもある彼の著書『飛鳥時代の新研究』を送りつけられた宗像は、奈良県・飛鳥へと向かった。そこで、飛鳥時代の三つの謎を解明するよう館林から挑戦状をたたき付けられ、宗像はそれに“龍”を持って答えると宣言し…!?