時は明治。文明開化とともに「怪」と「陰陽師」の存在は不要とされる世の中になっていく。怪が見える貸本屋の主人伊織は、違式怪異取締局に隠れて怪を助ける相談所として日々暮らしている。一方、怪退治の強硬路線に舵を切る取締局に異を唱え、反旗を翻した都築は、伊織たち向ヒ兎堂のメンバーと共闘することを決意する……。そんな中、謎の怪が帝都を跳梁跋扈し始める。遂に違式怪異取締局、最大の作戦が始まった――。