明治の世が訪れ、文明開化の波が押し寄せる中 日本各地には未だに迷信や異聞・奇聞が蔓延っていた…。科学的な見地に立ち、妖怪を否定しようと研究するうちに妖怪博士の通り名がついてしまった哲学者・東日流六平太。東日流は妖怪を心から信じている助手・泊瀬武と共に迷信を打破するため各地の怪奇現象に挑む!!