救うと誓った妹との再会は、神話代理戦争に臨む雷火の運命を変えた。ブリュンヒルデ、フレイヤと同盟を結んだ雷火は、すべての代表神を《支配》するため、動き出す。その頃、学園内では生徒失踪事件が頻発し――。