対話不能の異生物・ガウナ(奇居子)に太陽系を破壊されて千年。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を旅する、巨大なる播種船・シドニア。シドニアの最下層で育った青年・谷風長道(たにかぜ・ながて)は、衛人(モリト)と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛(ツグモリ)への搭乗を許される。長道の命を賭(と)した戦いが今ここに幕を開ける!