ヒマを持て余した細胞くんが迷子の乳酸菌と出会ったことによって巻き起こる“腸”スペクタクル巨編! 胃ではピロリ菌、腸では抗原変異した新型インフルエンザとバトル! そこに善玉菌、悪玉菌、日和見菌、そしてあの最強の敵も加わって、体の中は大騒ぎ! はたして細胞くんは迷子の乳酸菌を仲間のもとへ連れて行くことができるのか!?