「不幸だ……」真夏の夕暮れ。補習帰りにジュースの自動販売機に金を呑まれた上条当麻はそう呟いた。「ちょろっとー。なにやってんの、アンタ?」カツッと革靴を鳴らしながら、御坂美琴は上条に声をかけた。「お姉様?」その後、美琴に顔形そっくりの御坂妹がやってきた。三人の出会い。それが、事件の幕開けだった。一方通行と呼ばれる超能力者が起こす殺戮劇の、幕開けだった――。