アニメでは描かれない設定がバトー目線で明らかになる! バトーの報復劇が完結!! 草薙はついに『攻殻機動隊』結成に向けて始動する。そんな中、バトーが慕う高潔な軍人で英雄との呼び声も高いソガ大佐に極刑判決が下されようとしていた。バトーは作戦は遂行できても、救うべき命を失った数々の作戦での自責の念にかられる。今、目の前にあるソガ大佐の命を救うため、無実を証明するために動きだす。