“赤”のバーサーカーが引き起こした混乱に乗じて、まんまと大聖杯を強奪したシロウ・コトミネ。“黒”のランサーとマスターであるダーニックを返り討ちにしたシロウは、執拗に彼を追跡していたルーラー、ジャンヌ・ダルクと遂に相対する。 第三次聖杯戦争において召喚されたサーヴァント、ルーラー。それがシロウ神父の正体だった。 大聖杯による世界の救済を謳うシロウは、聖杯大戦の調和を願うジャンヌ・ダルクと真っ向から対立する。 かつて奇跡の象徴として人々から敬愛された少年と少女は、ここに新たな聖杯大戦を勃発させる。 一方、戦場となることを免れたトゥリファスにも不穏な空気が漂っていた。 “黒”のアサシンが魔術師たちを殺害し、聖杯を獲るべくマスター暗殺に動き出したのだ。 かつて名も無きホムンクルスであった少年、ジーク。“竜殺し”に変身する度に己の生命が削られていくのを知りながら、彼もまたサーヴァントとして聖杯を巡る苛烈な争いに身を投じることを決意する。