重奏世界の末世救済の鍵となる9つの大罪兵器のひとつを身に宿した少女・ホライゾン。彼女を聖譜連合から奪還した航空都市艦“武蔵”の総長トーリ達は、二番目の大罪兵器の譲渡を請うため日本海上空に浮かぶ島・英国へと向かう。しかし同時に、大内家と融合し西中国地方を支配する三征西班牙も、来るべきアルマダ海戦の歴史再現に先駆け、行動を開始していた…。中世の日本と各国が同居する学園ファンタジー世界“極東”を舞台に繰り広げられる壮大な「GENESIS」シリーズ、第二話スタート。