愛する母を亡くした喪失感から、幼き兄弟は錬金術による再生を試みようとする。それが「この世の理(ことわり)」を越える禁忌とも知らず…。2人の前に現れた錬金術師・イズミ。彼女の能力を目の当たりにした兄弟は、即座に弟子入りを申し込む。年端もいかぬ少年の願いに、イズミは1か月の試験を課して兄弟の才能を計ることに。その内容とは、「無人島で1か月間、錬金術を使わずに生き抜くこと」だった。そしてついに、『鋼の錬金術師』誕生の裏に隠された“あの日”の全容が明かされる!!