時は明治。文明開化とともに「怪」と「陰陽師」の存在は不要とされる世の中になっていく。怪が見える貸本屋の主人伊織は、違式怪異取締局に隠れて怪を助ける相談所として日々暮らしている。そんな中、取締局内では怪退治の強硬路線を主張する鷲沢と都築の弟・辰二郎が実権を握ることに。都築(兄)の相棒だった仙石は、西から呼び戻された謎の陰陽師とコンビを組み怪退治の任務へ……。果たして、渦中の向ヒ兎堂はどうなってしまうのか……!?