ドジッ娘女神・クロノはベルダンディーに届けるはずの音の調律プログラムが入った玉を割ってしまう。音楽の消滅を阻止するため、地上に散らばったプログラムを回収するベルダンディーたち。そして、ウルドとスクルドが最終プログラムを発見するも、それはクロノの天敵の中に……。どうするクロノ!? 地上の音楽は守られるのかっ。