1000年もの間生きることができる機械の体を夢見る少年・星野鉄郎とその母親。しかし、機械伯爵の人間狩りにより母親は殺されてしまう。逃げ延びた鉄郎も吹雪の中、力尽き倒れてしまうが、謎の美女・メーテルによって助けられる。しかもメーテルは、自分と同行してくれれば、ただで機械の体を手に入れることができる星・アンドロメダへ行く“銀河鉄道999”の乗車パスもくれると言うのだった(第1話)。▼鉄郎たちを乗せ、アンドロメダへの長い長い旅が始まった銀河鉄道999が、最初に停車駅したのは火星。かつては地球の植民星として栄えた火星も、現在はどこまでも廃墟が続く寂しい地となっていた。鉄郎は、火星に住む娘・フレーメの案内で、かつての都・大シルチスへ向かうのだが…