祖母の死により“外つ神守”を継いだ高校生・鳴神匡は、鳴神家のサポート役の家に生まれた同級生・野々宮千景や、十二家ある外つ神守の血筋で副担任・狐塚嵩臣の協力で次第に使命を自覚する。嵩臣とその従妹・咲、ヴァンパイアクォーター・百鬼冬麻と同居している鳴神のもとを、岡山の外つ神守・御厨隼人が訪れる。一方、祠の封印が解かれ、外つ神塚から巨人が出現し……!?