ID感染者で構成された組織・ルーディメントに所属する神城卓は、ついに想い人・花園魅香の行方を知る可能性がある人物へと辿り着く。その者の名は、尾上隆。輝葉高校の生徒であり、学園祭の大虐殺の首謀者の可能性もあるという尾上のいる屋敷へと潜入する。しかし、敵対する組織C・I・Dの林たちもそこに向かっていて……二つの組織の総力戦がいま始まる―――