伝説の『魔法騎士(マジックナイト)レイアース』ふたたび!! 苦難を乗り越え、『魔法騎士』となり『セフィーロ』の危機を救った光(ひかる)・海(うみ)・風(ふう)。『セフィーロ』の『柱』であるエメロード姫の願いをかなえ、東京に戻った3人の心に、事実が重くのしかかる。3人は最初に出会った東京タワーで再会し、もう一度『セフィーロ』に行くと決意を固める。そして、崩壊寸前の『セフィーロ』に新たな危機が迫っていた。