科学と魔術の両サイドからその身を狙われる「鳴護アリサ」は、混戦の末「レディリー」の元へと連れ去られてしまう。アリサを取り巻く事情を知った「上条当麻」と「インデックス」は、「エンデュミオン」の完成披露式典が行われる宇宙へと、アリサ奪還を胸に誓い飛び立つ…!! 「シャットアウラ」の願いと「レディリー」の呪いが引き起こした物語に、再び訪れる奇蹟とは…!? とあるシリーズの人気キャラが総出演で贈る奇蹟の劇場版コミカライズ、ここに終幕!!