崩壊してしまった世界を元に戻すために“アカシック・レコード”を求めて“刻の塔”を登るカケル達。だが塔の最上部で再び百々路樹が現れた。なんとか戦わずにすむように、百々路樹を説得しようとするカケルだったが、百々路樹はいっさい受けつけない。かくしてクロノ・ダイバー同士の悲痛な戦いが始まった!!