上条当麻は、疾走していた。 ハイテク自転車『アクロバイク』で、学園都市を逃げ回る。背中には、彼の腰にしっかりと手を回し、振り落とされないようにしがみつく御坂美琴の姿があった。 ――二人の背後から、『巨大な闇』が迫る。 その『闇』は、次元すら超越するほどの圧倒的な破壊の力で、上条を追う。 今度はオティヌスのように和解はできない。 サンジェルマンのような『紛い物』でもない。真の魔神、真のグレムリンが迫り来る。 もはや上条や美琴では太刀打ちできない。万策尽きた二人だが、しかしそこに意外な人物が救いの手を差し伸べ……! 同じ時。上条に背中を預けながら戦う美琴の胸中にはどこか穏やかでない『彼への想い』がくすぶり始めていた……。 地球滅亡をかけたチェイスバトル! 『グレムリン:魔神襲来』編、登場! 科学と魔術が交差するとき、物語は始まる!