カネに汚いが腕は一流。口は悪いが心は熱い。ペットの傷を癒やし、飼い主の心を癒やす獣医の名は鳥取健一。誰が呼んだか、獣医ドリトル-ー。世界の両生類を絶滅に追いやる危険性を持つツボカビ菌。ところが現時点で日本の両生類に感染は見られない。その理由を探るべく日本を訪問したラナ博士の通訳として、ドリトルはカエル君こと井蛙とともに環境保護財団が所有する風光明媚な山へと向かう。ところが、向かった先で井蛙が何者かに襲われてしまう。さらに環境保護財団を隠れ蓑にした、ある男の陰謀が明らかとなり…!?