もう一つの江戸時代からの侵略者・忍びの徳川家と戦う柳生十兵衛。彼は、ふたつの世界が生まれた原因を探るため、刻を越える力を持つ、こちらの世界の邪阿弥の元へ向かう。だが、もうひとつの世界の宮本武蔵が立ちはだかる!! しかも闘いの場は、邪阿弥の影能により、時間と空間が入り乱れて!?